Vakuola pada sel hewan memiliki fungsi yang bervariasi tergantung pada jenis selnya, namun umumnya berfungsi sebagai tempat penyimpanan air, nutrisi, dan limbah. Beberapa vakuola juga berperan dalam proses pencernaan intraseluler. Berbeda dengan sel tumbuhan, vakuola pada sel hewan biasanya berukuran lebih kecil dan berjumlah lebih banyak.