Meskipun media tanam spons menawarkan kemudahan dan retensi air yang baik, terdapat beberapa kekurangan yang perlu dipertimbangkan. Spons cenderung menahan terlalu banyak air, meningkatkan risiko pembusukan akar dan pertumbuhan jamur. Selain itu, spons tidak menyediakan nutrisi yang cukup untuk pertumbuhan tanaman, sehingga diperlukan penambahan pupuk secara teratur.