Biji apel mengandung amygdalin, senyawa yang dapat melepaskan sianida saat dicerna. Meskipun demikian, jumlah sianida dalam biji apel sangat kecil dan tidak berbahaya jika hanya tertelan beberapa biji. Konsumsi biji apel dalam jumlah besar dapat menyebabkan masalah kesehatan, tetapi risiko ini sangat kecil dalam kondisi normal.