Kemunduran Kerajaan Kalingga disebabkan oleh berbagai faktor kompleks yang saling terkait. Secara politik, kurangnya pemimpin yang kuat dan stabil menyebabkan perpecahan internal dan melemahkan kerajaan. Dari segi ekonomi, berkurangnya sumber daya dan persaingan dagang dengan kerajaan lain turut memperburuk kondisi keuangan kerajaan. Faktor sosial seperti konflik antar kelompok dan perubahan nilai-nilai budaya juga berkontribusi pada kemunduran Kerajaan Kalingga.