Pertanyaan mengenai apakah Yogyakarta termasuk wilayah Jawa Timur atau Jawa Tengah seringkali muncul karena letak geografisnya yang berada di antara kedua provinsi tersebut. Secara administratif, Yogyakarta merupakan sebuah Daerah Istimewa (DI Yogyakarta) yang memiliki status setingkat provinsi. Dengan demikian, Yogyakarta tidak termasuk ke dalam wilayah Jawa Timur maupun Jawa Tengah, melainkan memiliki pemerintahan dan otonomi sendiri.