Salah satu faktor penghambat integrasi nasional adalah kurangnya toleransi dan penghargaan terhadap perbedaan budaya, suku, agama, dan ras. Selain itu, kesenjangan ekonomi, ketidakadilan sosial, dan sentimen kedaerahan yang berlebihan juga dapat menjadi penghalang. Upaya untuk meningkatkan integrasi nasional perlu fokus pada mengatasi faktor-faktor tersebut melalui pendidikan, dialog, dan kebijakan yang inklusif.