Yamaha Xeon GT 125 adalah skutik yang menarik untuk dimodifikasi. Banyak pemilik yang melakukan perubahan pada bagian body, seperti pengecatan ulang, pemasangan body kit custom, atau penggantian lampu. Selain tampilan, performa mesin juga sering ditingkatkan dengan mengganti knalpot, filter udara, atau melakukan bore up. Penting untuk mempertimbangkan anggaran dan gaya modifikasi yang diinginkan sebelum memulai proses modifikasi.