Akuntansi desa umumnya menggunakan basis kas yang dimodifikasi atau basis akrual. Basis kas mengakui pendapatan dan pengeluaran saat kas diterima atau dibayarkan. Basis akrual mengakui pendapatan saat diperoleh dan pengeluaran saat terjadi, terlepas dari aliran kas. Pemilihan basis akuntansi ini bergantung pada peraturan daerah dan kompleksitas transaksi keuangan desa. Pemahaman yang baik tentang basis akuntansi penting untuk transparansi dan akuntabilitas pengelolaan keuangan desa.