Doa merupakan bagian penting dalam upacara bendera hari Senin, sebagai ungkapan syukur dan harapan kepada Tuhan Yang Maha Esa. Teks doa yang baik hendaknya berisi permohonan untuk kemajuan bangsa dan negara, keselamatan seluruh rakyat Indonesia, serta semangat persatuan dan kesatuan. Selain itu, doa juga dapat berisi permohonan ampunan atas segala kesalahan dan kekhilafan yang telah diperbuat.