Badan Malphigi merupakan bagian dari nefron, unit fungsional ginjal. Tahap utama pembentukan urine yang terjadi di Badan Malphigi adalah filtrasi. Pada proses ini, darah disaring di glomerulus, menghasilkan filtrat glomerulus yang kemudian akan diproses lebih lanjut di tubulus ginjal untuk menghasilkan urine.