Beberapa protokol umum digunakan untuk komunikasi antara aplikasi desktop dan server, tergantung pada jenis aplikasi dan persyaratan komunikasi. HTTP (Hypertext Transfer Protocol) adalah protokol yang paling umum digunakan untuk transfer data web, termasuk permintaan dan respons antara browser web (aplikasi desktop) dan server web. TCP/IP (Transmission Control Protocol/Internet Protocol) menyediakan dasar untuk komunikasi yang andal dan berorientasi koneksi. WebSocket menyediakan komunikasi dua arah real-time antara aplikasi desktop dan server.