Memegang mikroskop dengan benar adalah langkah penting untuk memastikan keamanan alat dan hasil pengamatan yang optimal. Prosedur yang benar adalah dengan memegang lengan mikroskop dengan satu tangan, dan menopang alas mikroskop dengan tangan lainnya. Hal ini penting untuk mendistribusikan berat mikroskop secara merata dan mencegahnya terjatuh. Pastikan juga untuk memegang mikroskop dengan hati-hati dan perlahan, serta hindari menggoyangkannya saat memindahkannya.