Pohon tomat, seperti halnya tanaman lainnya, memiliki sistem perakaran yang penting untuk menunjang kehidupan dan pertumbuhannya. Akar tomat berfungsi untuk menyerap air dan nutrisi dari dalam tanah, menopang tanaman, dan menyimpan cadangan makanan. Terdapat beberapa jenis akar pada pohon tomat, termasuk akar tunggang, akar serabut, dan akar adventif. Perawatan akar yang baik, seperti menjaga kelembaban tanah dan memberikan pupuk yang tepat, akan membantu tanaman tumbuh subur dan menghasilkan buah yang berkualitas.