Pohon tomat memiliki sistem perakaran serabut yang terdiri dari akar primer yang berkembang dari radikula biji dan akar-akar lateral yang tumbuh dari akar primer. Sistem akar ini berfungsi untuk menyerap air dan nutrisi dari tanah, serta menopang tanaman. Pemahaman tentang jenis akar pada tomat penting untuk perawatan dan pemupukan yang tepat.