Isomer gugus fungsi adalah senyawa-senyawa yang memiliki rumus molekul yang sama tetapi gugus fungsi yang berbeda. Akibatnya, mereka memiliki sifat kimia dan fisik yang berbeda pula. Contoh pasangan isomer gugus fungsi termasuk alkohol dan eter, aldehida dan keton, serta asam karboksilat dan ester. Pemahaman tentang isomer gugus fungsi penting dalam kimia organik untuk memprediksi dan menjelaskan sifat-sifat senyawa.