Vakuola pada sel protozoa memiliki berbagai fungsi penting, termasuk osmoregulasi, pencernaan makanan, dan pembuangan limbah. Vakuola kontraktil membantu mengatur keseimbangan air dalam sel, sementara vakuola makanan berperan dalam mencerna partikel makanan yang masuk ke dalam sel. Selain itu, vakuola juga berfungsi untuk menyimpan dan membuang limbah metabolisme.