Organisasi Islam radikal di Indonesia memiliki sejarah panjang dan kompleks. Beberapa kelompok muncul sebagai respons terhadap ketidakpuasan sosial dan politik, sementara yang lain terinspirasi oleh ideologi transnasional. Tujuan mereka bervariasi, mulai dari menegakkan syariat Islam hingga mendirikan negara Islam. Pengaruh mereka terhadap masyarakat Indonesia seringkali kontroversial, memicu perdebatan tentang kebebasan beragama, toleransi, dan keamanan nasional.