Onde-onde Bo Liem, seperti onde-onde pada umumnya, memiliki umur simpan yang terbatas karena sifatnya yang lembap dan rentan terhadap pertumbuhan jamur. Biasanya, onde-onde Bo Liem akan tahan selama 1-2 hari pada suhu ruangan jika disimpan dalam wadah kedap udara. Untuk memperpanjang umur simpannya, Anda dapat menyimpannya di dalam lemari es, yang dapat membuatnya bertahan hingga 3-4 hari. Pastikan untuk menghangatkannya kembali sebelum dinikmati agar teksturnya tetap lembut dan nikmat.