Konsumsi bahan bakar Yamaha Mio M3 bervariasi tergantung pada kondisi jalan dan gaya berkendara. Namun, secara umum, Mio M3 dapat menempuh jarak sekitar 40-50 km dengan 1 liter bensin. Beberapa pengguna melaporkan bahkan bisa mencapai lebih dari 50 km/liter dengan gaya berkendara yang hemat.