Deklarasi Djuanda dilatarbelakangi oleh keinginan Indonesia untuk menetapkan batas wilayah lautnya setelah kemerdekaan. Sebelumnya, aturan kolonial Belanda hanya mengakui laut sejauh 3 mil dari garis pantai sebagai wilayah Indonesia. Deklarasi Djuanda menegaskan bahwa semua perairan di antara pulau-pulau Indonesia adalah bagian dari wilayah NKRI, sehingga memperluas wilayah laut Indonesia secara signifikan dan memperkuat kedaulatan maritimnya.