Pohon tomat memiliki sistem akar serabut yang relatif dangkal, meskipun akar tunggangnya bisa menembus lebih dalam ke dalam tanah. Akar adventif juga dapat tumbuh dari batang jika tertimbun tanah. Pemahaman tentang jenis akar ini penting untuk memberikan perawatan yang tepat, seperti penyiraman dan pemupukan yang efektif, guna mendukung pertumbuhan tomat yang optimal.