Pengawetan makanan secara biologi menggunakan fermentasi adalah metode tradisional yang memanfaatkan mikroorganisme seperti bakteri dan jamur untuk mengubah komposisi makanan dan menghambat pertumbuhan mikroorganisme pembusuk. Proses fermentasi menghasilkan asam, alkohol, atau senyawa lain yang dapat memperpanjang umur simpan makanan. Contoh produk fermentasi meliputi yogurt, keju, acar, dan tempe.