Zygomycota bereproduksi secara seksual dan aseksual. Reproduksi aseksual terjadi melalui spora yang dihasilkan dalam sporangium. Reproduksi seksual terjadi melalui konjugasi, yaitu penyatuan hifa dari dua individu yang berbeda jenis. Hasil konjugasi adalah zigospora, yang kemudian akan berkecambah menjadi hifa baru.