Isomer kerangka adalah salah satu jenis isomer dalam kimia organik, di mana senyawa-senyawa memiliki rumus molekul yang sama tetapi berbeda dalam susunan rantai karbonnya. Dengan kata lain, perbedaan terletak pada bagaimana atom-atom karbon terikat satu sama lain membentuk kerangka molekul yang berbeda. Contoh isomer kerangka adalah butana dan 2-metilpropana, keduanya memiliki rumus molekul C4H10 tetapi struktur kerangkanya berbeda.