Gen intermediet adalah gen yang menghasilkan fenotipe campuran atau intermediet jika terdapat dua alel yang berbeda. Dalam kasus gen intermediet, tidak ada alel yang sepenuhnya dominan atau resesif. Akibatnya, individu heterozigot (memiliki dua alel yang berbeda) akan menunjukkan fenotipe yang merupakan kombinasi dari kedua alel tersebut. Contoh klasik gen intermediet adalah warna bunga pada beberapa jenis tanaman, di mana persilangan antara bunga merah dan bunga putih menghasilkan bunga berwarna merah muda.