Iodin dalam pewarnaan Gram bertindak sebagai mordan. Ia membentuk kompleks dengan kristal violet, zat warna primer, sehingga meningkatkan afinitas zat warna terhadap dinding sel bakteri. Kompleks kristal violet-iodin ini lebih besar dan sulit dihilangkan dari dinding sel bakteri Gram positif selama proses dekolorisasi, memungkinkan pembedaan yang jelas antara bakteri Gram positif dan Gram negatif.