Dalam pewarnaan Gram, iodin berperan sebagai mordant, yang membantu mengikat kompleks kristal violet dengan peptidoglikan dinding sel bakteri. Iodin membentuk kompleks kristal violet-iodin (CV-I) yang lebih besar, sehingga sulit untuk keluar dari dinding sel bakteri Gram positif yang tebal, memberikan warna ungu. Pada bakteri Gram negatif, kompleks CV-I mudah terlepas karena dinding selnya tipis dan mengandung lapisan lipid yang larut oleh alkohol.