Vaksin yang mengandung patogen yang sudah dimatikan bekerja dengan memperkenalkan virus atau bakteri yang telah dinonaktifkan ke dalam tubuh. Sistem kekebalan tubuh kemudian akan mengenali patogen tersebut dan menghasilkan antibodi tanpa menyebabkan penyakit. Contoh vaksin yang menggunakan metode ini termasuk beberapa jenis vaksin influenza dan polio. Vaksin ini efektif dalam memberikan perlindungan terhadap penyakit tertentu.