Pengawetan secara biologi melibatkan penggunaan mikroorganisme yang menguntungkan untuk menghambat pertumbuhan mikroorganisme pembusuk. Contohnya termasuk fermentasi, seperti pembuatan acar dari sayuran, yogurt dari susu, tempe dari kedelai, dan nata de coco dari air kelapa. Proses ini menghasilkan asam atau alkohol yang berfungsi sebagai pengawet alami, memperpanjang umur simpan makanan dan meningkatkan nilai gizinya.