Isomer kerangka adalah senyawa-senyawa yang memiliki rumus molekul yang sama tetapi perbedaan terletak pada susunan atom karbon dalam kerangka utamanya. Contohnya adalah butana (C4H10) yang memiliki dua isomer kerangka, yaitu n-butana dan isobutana. N-butana memiliki rantai karbon lurus, sedangkan isobutana memiliki satu cabang. Perbedaan struktur ini memengaruhi sifat fisik dan kimia senyawa.