Desentralisasi asimetris adalah pemberian otonomi yang berbeda kepada daerah-daerah tertentu dalam suatu negara. Di Indonesia, contohnya adalah pemberian otonomi khusus kepada Aceh dan Papua. Otonomi khusus ini memberikan kewenangan yang lebih luas kepada daerah tersebut dalam mengatur urusan pemerintahan, ekonomi, dan sosial budayanya. Hal ini dilakukan karena kondisi dan karakteristik daerah yang berbeda-beda.