Mengajarkan pendidikan seks di sekolah menghadapi berbagai tantangan kompleks. Kontroversi sering muncul terkait dengan konten yang dianggap sesuai atau tidak, serta usia yang tepat untuk memperkenalkan topik-topik tertentu. Kurikulum yang komprehensif dan berbasis bukti sangat penting, namun seringkali kurang memadai atau tidak didukung oleh sumber daya yang memadai. Selain itu, guru perlu dilatih untuk menyampaikan informasi secara sensitif dan efektif, mengatasi rasa malu atau canggung, dan menjawab pertanyaan-pertanyaan sulit. Pendekatan yang melibatkan orang tua dan komunitas juga penting untuk menciptakan lingkungan yang mendukung pendidikan seks yang sehat.