Sistem desentralisasi, meskipun memiliki banyak kelebihan, juga memiliki beberapa kekurangan. Kekurangan tersebut antara lain adalah potensi ketidakseragaman kebijakan antar daerah, kesulitan koordinasi antar daerah, dan potensi munculnya ego daerah. Namun, pembangunan justru bukanlah sebuah kekurangan dari sistem desentralisasi, melainkan salah satu tujuan yang ingin dicapai melalui otonomi daerah.