Lama fermentasi cuka apel bervariasi, umumnya memakan waktu antara 3 hingga 6 minggu untuk fermentasi alkohol, diikuti 4 hingga 8 minggu untuk fermentasi asam asetat. Proses ini bergantung pada suhu, kualitas bahan baku, dan strain bakteri yang digunakan. Fermentasi yang cukup akan menghasilkan cuka apel dengan rasa dan aroma yang optimal serta kandungan probiotik yang bermanfaat.