Waktu tempuh penerbangan dari Indonesia ke Jepang bervariasi tergantung pada rute penerbangan dan kota tujuan. Secara umum, penerbangan langsung dari Jakarta ke Tokyo membutuhkan waktu sekitar 7-8 jam. Namun, jika ada transit di kota lain, seperti Singapura atau Kuala Lumpur, waktu tempuh bisa mencapai 10-12 jam atau lebih. Faktor lain yang memengaruhi waktu perjalanan adalah kondisi cuaca dan perbedaan zona waktu antara Indonesia dan Jepang.