Akar pepaya umumnya memiliki sistem akar tunggang yang berkembang dengan baik pada tahap awal pertumbuhan. Akar tunggang ini berfungsi untuk menopang tanaman dan menyerap air serta nutrisi dari dalam tanah. Seiring dengan perkembangan tanaman, akan muncul akar-akar serabut yang membantu memperluas jangkauan penyerapan nutrisi. Kesehatan akar sangat penting untuk pertumbuhan pepaya yang optimal.