Zygomycota bereproduksi melalui dua cara: secara seksual dan aseksual. Reproduksi aseksual terjadi melalui pembentukan sporangiospora di dalam sporangium. Ketika sporangium pecah, spora menyebar dan tumbuh menjadi hifa baru. Reproduksi seksual terjadi ketika dua hifa yang kompatibel bertemu dan membentuk zigospora yang berdinding tebal dan resisten terhadap kondisi lingkungan yang buruk. Zigospora kemudian berkecambah dan menghasilkan sporangium yang menghasilkan spora baru.