Perbedaan utama antara mesin Yamaha R25 dan R15 terletak pada kapasitas mesin dan konfigurasi silinder. R25 menggunakan mesin 250cc 2-silinder, sementara R15 menggunakan mesin 155cc 1-silinder. Hal ini mempengaruhi performa, tenaga, dan torsi yang dihasilkan oleh masing-masing motor. R25 umumnya menawarkan tenaga yang lebih besar, sementara R15 lebih ringan dan lincah.