Tanaman tomat memiliki sistem perakaran yang dapat berupa serabut atau tunggang, tergantung pada varietas dan kondisi lingkungan. Akar serabut terdiri dari banyak akar kecil yang menyebar, sedangkan akar tunggang memiliki satu akar utama yang tumbuh ke bawah. Pemahaman tentang jenis akar ini penting untuk pengelolaan air dan nutrisi yang efektif, serta memaksimalkan hasil panen. Pemilihan jenis tomat juga bisa disesuaikan dengan kondisi tanah di lahan yang tersedia.