Tanaman pepaya memiliki akar tunggang, yang merupakan ciri khas dari tanaman dikotil. Sistem perakaran dikotil memiliki akar utama yang tumbuh besar dan kuat, serta akar-akar cabang yang lebih kecil. Sementara itu, tanaman monokotil memiliki sistem akar serabut. Dengan demikian, akar pepaya termasuk dalam kategori dikotil.